Die Komturei wurde 1228 als Niederlassung des während der Kreuzzüge entstandenen Johanniter-Ordens gegründet. Der Sage nach ist sie eine Stiftung der Grafen von Toggenburg, als Folge aus einem Brudermord.

Zum damaligen Stiftungsgut gehörten auch die Burgen Heitenau und Allenwinden bei Tobel. Die Komturei (Verwaltungssitz eines Grossgrundbesitzes, Kommende) entwickelte sich gut und umfasste bald das Gebiet der heutigen Gemeinden Tobel, Tägerschen, Braunau, Märwil, Affeltrangen und Zezikon. Einzig der Bergfried (heute Kirchturm) erinnert noch an die Gründungszeit. 

Der mittelalterliche Pilgerweg von Konstanz nach Einsiedeln (Schwabenweg) führte nahe an der Komturei vorbei.

Die Komture waren meist deutsche Adlige, die jeweils mehrere Komtureien gleichzeitig verwalteten. Sie pflegten einen engen Kontakt zur freien Reichsstadt Konstanz und zur dortigen Geistlichkeit.

Der Komtur besass Kollaturrechte in den umliegenden Kirchgemeinden, die es ihm erlaubten, nach eigenem Gutdünken Geistliche einzusetzen. Er verfügte über die niedere Gerichtsbarkeit in seinen Gebieten. War ein Problem kirchlich, konnte er sich auf die Weltlichkeit berufen oder umgekehrt.

Um die Komturei herum entwickelte sich mit der Zeit das Dorf Tobel. Der heutige Dreiflügel-Bau des berühmten Barock-Architekten Johann Caspar Bagnato (er baute auch Schloss Mainau und das Rathaus in Bischofzell) ersetzte 1747 die alten Komtureianlagen. Nach der Auflösung des Ordens im Jahre 1807 wurden dessen Niederlassungen herrenloses Gut. Die Komturei fiel an den Kanton Thurgau und die Katholische Kirche. 

Literatur:
"Prinz Philipp von Hohenlohe, der letzte Komtur von Tobel" von A.Schoop in ThBeitr. 122, 1985
"Geschichte der Johanniterkomturei Tobel" von H. Bühler in ThBeitr. 122, 1985
"Johann Kaspar Bagnato (1696-1757) und das Bauwesen des Deutschen Ordens..." von Hans Martin Gubler, Thorbecke 1985